En el caso de biopsias tomadas por endoscopia, se recomienda obtener un número elevado de muestras (10-15), y que sean representativas de las distintas características macroscópicas observadas, incluyendo zonas aparentemente normales. Es conveniente, así mismo, biopsiar todas las porciones del tracto gastrointestinal a las que pueda acceder el aparato del que se disponga (incluso aquellas sin alteraciones clínicas o macroscópicas; algunas lesiones a nivel de estómago pueden justificar trastornos funcionales a nivel de un intestino morfológicamente normal y viceversa). Es también conveniente que las muestras sean lo más profundas posible (esto se conseguirá mediante el uso de pinzas nuevas, afiladas) con el fin de obtener la totalidad de la mucosa y, preferiblemente, parte de la submucosa. El riesgo de perforación intestinal, incluso en biopsias profundas, es prácticamente nulo. Las muestras obtenidas por endoscopia deberán enviarse preferiblemente en envases estrechos y prácticamente llenos en su totalidad de formol al 10% (ello evitará que las muestras se agiten en exceso y se alteren durante el transporte). No es necesario separar en diferentes envases las muestras de segmentos intestinales distintos.
Las muestras tomadas por laparotomía deberán tener un tamaño de entre 5 y 10 mm y será conveniente también hacer un muestreo representativo de las distintas porciones del tracto digestivo, así como de posibles cambios detectables macroscópicamente. Es preferible evitar el muestreo de placas de Peyer; en general, el estudio histológico de estos acúmulos linfoides no aporta información sobre el estado de la mucosa intestinal del animal.
