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El Sistema Nervioso Central es muy blando y se daña con facilidad, por lo que se recomienda manipularlo con extremo cuidado para evitar en la medida de lo posible los artefactos por compresión. El encéfalo debe ser extraído en su totalidad (incluyendo el cerebelo), y debe sumergirse en formol al 10%, en un volumen mínimo de 4 ó 5 veces superior al de la masa encefálica. Es necesario fijarlo lo antes posible tras la muerte del animal, puesto que se trata de un tejido extremadamente susceptible a la autolisis. Para facilitar la penetración del fijador en el tejido, pueden realizarse pequeños cortes hasta los ventrículos laterales, dejándolo en fijación de 4 a 10 días, según el volumen del encéfalo.